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主要可以分为三点不同：分布不同，作用不同，结构不同。
分布不同：根主要是在植物的底部，一般都是在地下；而茎主要是在植物的中轴部，一般都是在地上。作用不同：根主要是用来负责吸收土壤里面的水分以及各种营养物质，并且还具有支撑、繁殖、贮存等作用；而茎主要是用来传递水分以及各种营养物质来支持叶、花、果实在一定空间中生长，有些还具有光合作用。结构不同：根可以分为根尖结构、初生结构、次生结构；而茎则分为初生结构、次生结构、横切面。
有些也可以分为基础结构区别，根没有节和节间，不会长叶，茎会有块茎和根状茎等，上面有叶子，还会开花。其次生长环境区别，根生长在植物下端，茎主要生长在植物上端。然后纹理区别，根的表面会有纹理，有些还能看到皮孔，茎纹路很粗糙。总体来说茎肯定会有节，不管是什么类型的茎，都可以找到节，可是根上面却没有节。同时作用也有区别，根主要就是吸收水分和养分的，茎的作用就是用来运输养分和水分的。
三年级植物的根和茎特点如下：
1、直根系：像胡萝卜（菠菜）这样，根从茎的下长出的一根粗根，外面长了一些细小的毛，这样的根在科学上叫它直根。
2、须根系：像大葱、芹菜这样，在茎下面长出的根有很多，都是差不多粗细的，这样的根在科学上叫须根。
3、变态根（贮藏根）：植物生长所需的水分主要存在于土壤中，大多数新鲜蔬菜水果中的含水量约为自身质量的70%90%。
根（root）植物学名词，一般指植物在地下的部位。主要功能为固持植物体，吸收水分和溶于水中的矿物质，将水与矿物质输导到茎，以及储藏养分。
许多植物的地下构造本质上为特化的茎（如球茎、块茎），根与枝不同处主要在于缺少叶痕与芽，具有根冠，分枝由内部组织产生而非由芽形成。
功能
1、吸收水分和无机盐
根系从土壤中吸收水分的最活跃部位，是根端的根毛区。通常仅由根系的活动而引起的吸水现象，称为主动吸水，而把由地上部分的蒸腾作用所产生的吸水过程，称被动吸水。
2、合成能力
根部能进行一系列有机化合物的合成转化。其中包括有组成蛋白质的氨基酸，如谷氨酸、天门冬氨酸和脯氨酸等﹔各类植物激素，如：龙根生、?乙酸、细胞分裂素类，以及少量的乙烯等。
3、输导功能
输导功能是由根尖以上的部位来完成的。由根毛和表皮细胞吸收的水和无机盐通过根的维管组织输送给茎和叶的，而叶所制造的有机物也通过茎送到根，由根的维管组织输送到根的各部分，维持根的生长和生活。
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